鐵郎在外旅行一年后回到了地球，卻被總督波爾加扎達三世當成是危險分子即將處死。危急時刻，999號救了鐵郎。在999號列車上，鐵郎與美特爾重復，除了列車長和柯萊爾這些老朋友之外，鐵郎還認識了電子精靈嘉農和小貓阿咪。他們為了與宇宙的黑暗支配者抗爭，一同踏上了新的旅程。　　通過太陽系后，999號朝著下一站行星泰克諾羅吉亞駛去。不料由于途中發生軌道異常，列車只得緊急停靠在了小行星百年靈螢火蟲上。黑暗...