2028年的冬季開始出現戰后復興的征兆，但是圍繞國外壟斷企業的權利卻爆發了激烈的示威游行活動。　　紐泊特城發生了負責維護秩序的機動部隊射殺示威者的惡性事件，但其實這全都是由于電腦病毒導致的。　　草薙素子率領的獨立攻性部隊想要平息事態。　　后來發現與這件事相關的“鐵人少女”艾瑪和“稻草男”布里達朱尼亞。　　追查事件的草薙素子終于查到了他們想要的東西……