故事發生在人與MS和平共處的國度、新托比亞。某天，邪惡MS軍團“新亞古捷斯”手下“先鋒渣古”，率領渣古兵團，企圖入侵。一位名叫“阿修”的少年，無意中啟動沉睡的MS隊長高達”，更在他幫助下，打敗先渣古軍團。為對抗新亞古捷斯入侵，“SD高達戰隊”正式成立，后來更加上來自異空間，為解救故鄉危機，來到新托比亞的戰士“翼之騎士．零”及“炎之武者．爆熱丸”，成為伙伴。開始圍繞修仔及三位高達戰士的歷險之旅……