故事發生在公元2199年，地球因遭到神秘行星加米拉斯的攻擊而瀕臨滅亡的危機。游星炸彈所釋放出的放射能污染了地球表面，人類不得已只能逃到地底茍且偷生，連最終希望的地球防衛軍宇宙艦隊，也在冥王星戰役中慘遭全滅。正當人類陷入絕望之際，遠在14萬8千光年外的伊斯坎達爾星卻為地球帶來了希望。配備了「波動引擎」的大和號正緩緩地啟動，即將展開一場來回29萬6千光年的浩瀚旅途…