電視動畫《深夜的超自然公務員》改編自たもつ葉子著同名網絡奇幻漫畫，講述了在東京 23 區的全部區役所中有個不為人知的組織「夜間地域交流課」，專門處理夜晚各種超自然事件。宮古新是「夜間地域交流課」的新人，可以理解人外語言，在巡邏的時候遇到了一位天狗，將宮古新稱為安倍睛明，在天狗看來宮古新與自己認識的安倍睛明一模一樣，宮古家是繼承了安倍睛明的血脈。作為「夜間地域交流課」的新人宮古新一方面會與各種妖怪們接觸，另一方面也要和充滿個性的同事們學習相處之道...