動畫講述了文久三年。 世間二分為倒幕派與幕府派，刀的時代被宣告結束的時代來臨——幕末。 作為刀劍男士剛剛顯現的堀川國廣，與過去在同一個主人的手下共同戰斗的和泉守兼定在落雨的山道中疾馳著。 刀劍男士是寄宿于刀上的念想通過審神者的激發之下、顯現的『付喪神』。他們的使命是去打倒來自未來企圖改變歷史的『時間溯行軍』，為了守護那“正確的歷史”。 迎來了新伙伴陸奧守吉行、藥研藤四郎、蜻蛉切與鶴丸國永的堀川國廣、和泉守兼定兩刃，在這動亂的時代之中，投身于與時間溯行軍的戰役。 揮動著的刀刃上所倒映出的是光、抑或是影？ 刀劍男士，出陣。