一只巨大的寶可夢，突然憑空降落在正在旅行的小智一行人面前！在因為沖擊而揚起的塵土中現身的，是幻之寶可夢——波爾凱尼恩。與被人類傷害過的寶可夢們，一起生活在遠離人煙的尼貝爾高原的波爾凱尼恩，其實非常討厭人類。 雖然波爾凱尼恩不想理會小智等人，匆于離開他們的身邊，但不知為何竟然連小智也一起帶走。奔跑的波爾凱尼恩與被拉著的小智，原來他們倆不知曉得什么時候，被一道神奇的鎖鏈綁在一起。這下子，就算他們想分也分不開了。無可奈何的波爾凱尼恩，只有一邊拉著小智，一邊飛奔跑至阿佐特王國。 另一方面，擁有不停轉動的巨大齒輪的超級機關城市——阿佐特王國的..